0100 Департамент господарського забезпечення
0200 Управління захисту інформації
0300 Департамент забезпечення діяльності Голови ДПА України (апарат Голови ДПА України)
0400 Департамент персоналу
0500 Департамент фінансового забезпечення
0600 Управління капітального будівництва
0700 Департамент контролю за відшкодуванням податку на додану вартість
0800 Департамент обслуговування великих платників податків
0900 Слідче управління податкової міліції
1000 Юридичний департамент
1100 Управління координації нормотворчої роботи та взаємодії з органами державної влади
1200 Управління міжнародних зв'язків
1300 Організаційно-розпорядчий департамент
1400 Департамент відомчого контролю
1500 Департамент адміністрування податку на прибуток та інших податків і зборів (обов’язкових платежів)
1600 Департамент адміністрування податку на додану вартість
1700 Департамент оподаткування фізичних осіб
1800 Аналітично-інформаційний відділ
1900 Департамент обліку та звітності
2000 Департамент економічного аналізу
2100 Управління адміністрування акцизного збору
2200 Департамент контролю за фінансовими установами та операціями у сфері ЗЕД
2300 Департамент податкового контролю юридичних осіб
2400 Департамент погашення прострочених податкових зобов’язань
2500 Департамент апеляцій
2600 Головне управління податкової міліції
2700 Управління внутрішньої безпеки ДПА України
2800 Департамент інформаційно-аналітичного забезпечення процесів оподаткування
2900 Управління реєстрації та обліку платників податків
3000 Інформаційно-довідковий департамент державної податкової служби
3100 Департамент масово-роз’яснювальної роботи та звернень громадян
3200 Департамент контролю за виробництвом та обігом спирту, алкогольних напоїв і тютюнових виробів
3300 Департамент розвитку та модернізації державної податкової служби
3500 Департамент боротьби з відмиванням доходів, одержаних злочинним шляхом